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一、感染因素。感染，在结肠炎病因中是主要病因之一。虽然在粪便中未能检致病菌、病毒或真菌。每当发病时，使用抗生素则有不同程度控病情和治疗效果，这说明抗生素具有抑制大肠杆菌及其它致病菌，可减低临床症状，一般认为都与感染有关。
二、自身免疫。随着社会发展，医学的进步，免疫学的快速成长，有很多不明病因的都以探明。目前，免疫疾的发病率高，治疗困难，已引起重视。因此，慢性结肠炎在常规治疗是下难以治愈的。
三、中医认为结肠炎是虚寒性下利的一种表现，它与脾胃、肝、肾功能的失调有着密切关系。
结肠炎的主要危害有：
1、中毒性肠扩张：这是本病的一个严重并发症，多发生在全结肠炎的病人，死亡率可高达44%，临床表现为病情迅速恶化，中毒症状明显，伴有腹泻、腹部压痛和反跳痛，肠鸣音减弱或消失，白细胞数增多，易并发肠穿孔。
2、肠狭窄：多发生在病变广泛、病程持续长达5-25年以上的病例，其部位多见于左半结肠，乙状结肠或直肠，临床上一般无症状，严重时可引起肠阻塞，在本病出现肠狭窄时，要警惕肿瘤，鉴别良性恶性。
3、肠穿孔：多为中毒性肠扩张的并发症，也可出现严重型，多发生于左半结肠，皮质激素的应用被认为是肠穿孔的一个危险因素。
4、肠息肉、结肠癌：结肠炎超过五年，肠道溃疡面在炎症的长期刺激下容易异常增生，引发肠息肉，一厘米以上肠息肉癌变率极高；另外，约5%肠炎病例可发生癌变，多见于病变累及全结肠，幼年起病和病史超过10年者。
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